Żona
Eugeniusz Kwiatkowski poślubił swoją piękną żonę Leokadie Glazer we wrześniu 1913 roku. Jej ojciec nazywał się Piotr Glazer, matka - Maria Gabriela Glazer, a siostra - Maria Kulesza Bereźnicka. Leokadia urodziła się w 1890 roku, a zmarła mając 87 lat dnia 11 VI 1977 roku. Pochowano ją w Krakowie, na cmentarzu Rakowickim.
Dzieci
Eugeniusz Kwiatkowski wraz ze swoją małżonką Leokadią Glazer mieli czwórkę dzieci: syn, który zmarł w niemowlęcym wieku, Jan Jerzy Kwiatkowski (1914r.), Anna vel Hanna Maciejewska(1918r.) oraz Ewa Obrąpalska (1925r.). Jego syn Jan studiował na Politechnice Lwowskiej , niestety zginął w młodym wieku 20 września 1939 roku postrzelony przez pomyłkę przez współtowarzyszy z wojska. Natomiast jego córka Anna zmarła w 2007 roku. Jego córka Ewa zmarła w wieku 93 lat 19 lipca 2018 roku, była honorowym obywatelem Gminy Nowa Dęba. Przez większość życia była kierownikiem Zakładu Patologii Nowotworów Centrum Onkologii w Krakowie.
Wnuki
Jako dziadek Eugeniusz Kwiatkowski był bardzo ciepłą, sympatyczną oraz miłą osobą. Umiał przekazywać wiedzę swoim wnukom jak i zasady dobrych manier. Mimo swojej pracy znajdował dużo czasu dla nich, często opowiadał im przed snem wymyślone na poczekaniu bajki, w których bohaterowie mieli podobne imiona do nich lub przeżywali te same chwile co oni danego dnia. Zazwyczaj przerywał swoje opowiadania w najbardziej emocjonującym momencie i dzielił je na odcinki a do dokończenia ekscytującego momentu musieli czekać do kolejnego wieczoru. Umiał doradzić swoim wnukom w trudnych dla nich momentach jak najlepiej wyspecjalizowany psycholog i kiedy nikt inny nie umiał tego robić. Kwiatkowski mimo wielu nerwowych dla niego sytuacji w życiu nigdy nie przynosił swoich problemów do domu i nie przenosił złego napięcia na domowników. „Miał niesamowity dar przekazywania wiedzy” - wspomina wnuczka Kwiatkowskiego pani Julita Maciejewicz Ryś w jednym z wywiadów. Zdarzało się tak, że zabierał swoje wnuki na wycieczki statkiem na Hel, molo w Orłowie lub portu w Gdańsku. Na pytanie, jakim dziadkiem był Eugeniusz Kwiatkowski, jego wnuczka odpowiedziała: „Wspaniałym”.