W czasie kampanii wrześniowej w 1939r. Antoni Chruściel bierze udział z pułkownikiem we wszystkich działaniach - w składzie 30. dywizji piechoty – walcząc pod Działoszynem, a kończąc kampanie w obronie twierdzy modlińskiej. W obronie Twierdzy Modlin poległo ok. 1300 polskich żołnierzy, w tym 50 oficerów i podchorążych. Już po ogłoszeniu rozejmu SS-mani z Dywizji Pancernej „Kempf” zaatakowali niespodziewanie polskie pozycje pod Zakroczymiem, gdzie żołnierze 2. Dywizji Piechoty Legionów szykowali się do złożenia broni. Zamordowanych zostało ok. 500 polskich jeńców oraz ok. 100 cywilów. Po kapitulacji Modlina ppłk Antoni Chruściel dostaje się do niewoli niemieckiej, jednak szybko z niej ucieka. Przedziera się do Warszawy i zaczyna służbę w tworzącym się Związku Walki Zbrojnej. Początkowo był szefem wydziału Taktyczno – Szkoleniowego ZWZ, następnie zostaje zastępcą, a później komendantem Okręgu  Armii Krajowej.