Nie był on bez wątpienia najzdolniejszym dowódcą i nie znał się na strategii, nowoczesnej taktyce, a często przeceniał rolę jazdy której zaufał po bitwie pod Kumiejkami w 1637 roku. Korzystanie z piechoty i artylerii w walkach w polu sprawiało mu problemy, a już szczególnie kłopotliwe było dla niego organizowanie współdziałania tych broni w czasie bitwy, choć w bitwie nad Połonką wykazał, że nie jest to dla niego niemożliwe. Dowodzenie Czarnieckiego jednostkami jazdy nawiązywało do najlepszych tradycji staropolskiej sztuki wojennej. Opierało się na umiejętnym stosowaniu ekonomii sił, utworzeniu przewagi w wybranym miejscu, zaskoczeniu przeciwnika gwałtownym manewrami przełamaniu jego sił w wybranym miejscu, często połączonym z gwałtownym manewrem oskrzydlającym. Po przełamaniu umiejętnie wykorzystywał powodzenie, dążąc do całkowitego rozbicia sił przeciwnika i wyniszczenia ich długotrwałym pościgiem. Jako wódz charakteryzował się zdecydowaniem i umiejętnością szybkiego podejmowania decyzji, lecz także skłonnością do ryzykanctwa i brawurą. Umiał w razie potrzeby utrzymywać żelazną dyscyplinę w podległych jednostkach, nie wahając się przed stosowaniem okrutnych kar. Jednak przyjęty sposób dowodzenia spowodował, że łatwiej było wojsko Czarnieckiego rozproszyć niż rozbić, jak choćby w bitwie pod Gołębiem. Cała jego wiedza wynikała ze zdobytego doświadczenia bojowego, co w wielu wypadkach okazywało się bezcenne. Dowodząc większymi zgrupowaniami poniósł kilka bolesnych porażek, jednak część z nich wynikła nie z braku umiejętności Czarnieckiego, lecz z tego, że długo wypadało mu dowodzić jednostkami niedoświadczonymi, ze sporym udziałem pospolitego ruszenia. Czarniecki zasłynął z bezwzględności podczas toczenia walk, niejednokrotnie jego wojska dopuszczały się przypadków morderstw jeńców i ludności cywilnej, palenia wsi i kościołów, choć podobno on sam takie zachowania potrafił brutalnie ukarać.