Czarniecki był i jest patronem wielu obiektów i instytucji w Polsce. Jego imię nosiły kolejno: Oficerska Szkoła Broni Pancernej i Wojsk Samochodowych w Poznaniu (1947–1948), Oficerska Szkoła Broni Pancernej w Poznaniu (1948–1951), Oficerska Szkoła Wojsk Pancernych i Zmechanizowanych w Poznaniu (1951–1957), Oficerska Szkoła Wojsk Pancernych w Poznaniu (1957-1967), Wyższa Szkoła Oficerska Wojsk Pancernych w Poznaniu (1967–1993), Centrum Szkolenia Wojsk Lądowych w Poznaniu (1993-1994), Centrum Szkolenia Wojsk Lądowych i Logistyki w Wyższej Szkole Oficerskiej im. Stefana Czarnieckiego (1994-2002), a od 10 kwietnia 2003 jest patronem powstałego w miejsce poprzednich Centrum Szkolenia Wojsk Lądowych w Poznaniu.

Jego imię nosi od 1911 roku także 1 Nowosądecka Drużyna Wędrownicza „Czarna Jedynka” im. Stefana Czarnieckiego w Nowym Sączu, jedna z najstarszych drużyn harcerskich w Polsce, oraz 5 Krakowska Drużyna Harcerzy Cyklon im. Hetmana Stefana Czarnieckiego (ZHR).

Czarniecki jest też od 1920 roku patronem jednego z fortów Twierdzy Toruń, tzn. Fortu II Stefan Czarniecki w Toruniu, zachowanego pruskiego fortu z lat 1878–1882.

Jest on również patronem wielu szkół w całej Polsce m.in. I Liceum Ogólnokształcącego w Kozienicach, pod którymi stoczył zwycięską potyczkę, Liceum Ogólnokształcącego w Tyszowcach, w których została zawarta sławna konfederacja przeciwko Szwedom oraz I Liceum Ogólnokształcącego w Chełmie. Organizowane są także konkursy wiedzy o hetmanie – szczególnie w ramach obchodów 350 rocznicy wyprawy Czarnieckiego do Danii. Od 2003 roku jest patronem Zespołu Szkół Ponadgimnazjalnych Nr 2 we Włoszczowie. Od 1960 roku Stefan Czarniecki jest patronem Szkoły Podstawowej nr. 133 w Warszawie.