W pierwszych dniach II wojny światowej wraz z wychowawcami
i współpracownikami Janusz Korczak dyżurował dzień i noc w Domu Sierot. We wrześniu 1939 roku po raz ostatni przemówił w Polskim Radiu, nawołując do spokoju. Od samego początku okupacji nieustannie zabiegał także o wsparcie dla swojej instytucji.
Latem 1940 roku udało mu się jeszcze wyjechać z dziećmi na kolonie letnie do "Różyczki", filii Domu Sierot mieszczącej się w Wawrze. Jesienią 1940 roku Dom Sierot - jako instytucja żydowska - nakazem okupanta został przesiedlony do getta na ulicę Chłodną 33, do budynku Gimnazjum Kupieckiego im. Marii i Józefa Roeslerów. Korczak trafił na pewien czas do aresztu za nienoszenie nakazanej Żydom opaski z gwiazdą Dawida. W październiku 1941 roku Dom Sierot został zmuszony po raz kolejny do przeprowadzki, tym razem na ul. Sienną 16 (Śliską 9). Korczak cały czas walczył o środki finansowe na utrzymanie dzieci, ale przede wszystkim starał się,
by mimo beznadziejnej sytuacji życie w Domu Sierot płynęło wcześniejszym, przedwojennym rytmem. Na początku 1942 roku Korczak podjął się także oficjalnie opieki nad znajdującą się w tragicznej sytuacji placówką dla sierot - Głównym Domem Schronienia. Od maja tego roku zaczął pisać "Pamiętnik", który ukazywał tragiczny obraz okupacji hitlerowskiej. Korczak odrzucał świadomie propozycje osobistego ratunku. Nie przyjął pomocy w opuszczeniu getta i ukryciu się, jaką oferowali mu przyjaciele.
W dniu deportacji rankiem 5 sierpnia 1942 roku, w czasie trwania tzw. "wielkiej akcji" (głównego etapu eksterminacji ludności warszawskiego getta) odmówił opuszczenia dzieci i pracowników Domu Sierot. Źródła dowodzą, że próbę wyprowadzenia go chcieli podjąć pracownicy gminy żydowskiej (nie Niemcy). Ostatni marsz Korczaka i dzieci na Umschlagplatz przeszedł do historii.
Janusz Korczak i wychowawca Misza Wróblewski z wychowankami przed budynkiem Domu Sierot (1934 lub 1935)
Anka Grupińska, Bogna Burska, Żydzi Warszawy 1861–1943, Warszawa, Żydowski Instytut Historyczny, 2003
https://tiny.pl/thsn8