Jego działalność w Gdyni wiąże się z rozbudową portu. Podczas sprawowania funkcji ministra handlu (1926-1930) w ciągu pierwszych 10 dni spełniania swojej roli zapowiedział wznowienie budowy. W ciągu pierwszych trzech tygodni podpisał umowę z francuskim konsorcjum. Przez trzy miesiące udało mu się zamówić z Francji pięć statków handlowych. Eugeniusz Kwiatkowski podkreślał, że "Bez swobodnego wyjścia na morze i przez morze udusilibyśmy się gospodarczo i politycznie". W ciągu 4 lat zebrał 6-krotnie większą sumę na wznowienie rozbudowy niż skarb państwa przez 5 lat. Dzięki jego wielkiej pomocy, Gdynia stała się największym portem nad Bałtykiem i najnowocześniejszym w Europie.

(Popiersie Eugeniusza Kwiatkowskiego w Gdyni na ulicy 10 Lutego, jako znak wdzięczności za jego zasługi dla miasta)