W czasie kampanii wrześniowej w 1939r. Antoni Chruściel brał udział we wszystkich działaniach - w składzie 30. dywizji piechoty – walcząc pod Działoszynem,
a kończąc kampanię w obronie twierdzy modlińskiej. Poległo tam ok. 1300 polskich żołnierzy, w tym 50 oficerów i podchorążych. Już po ogłoszeniu rozejmu SS-mani z Dywizji Pancernej „Kempf” zaatakowali niespodziewanie polskie pozycje pod Zakroczymiem, gdzie żołnierze 2. Dywizji Piechoty Legionów szykowali się do złożenia broni. Zamordowanych zostało ok. 500 polskich jeńców oraz ok. 100 cywilów.

Po kapitulacji Modlina ppłk Antoni Chruściel dostał się do niewoli niemieckiej, jednak szybko z niej uciekł. Przedarł się do Warszawy i rozpoczął służbę w tworzącym się Związku Walki Zbrojnej. Początkowo był szefem wydziału Taktyczno – Szkoleniowego ZWZ, następnie został zastępcą, a później komendantem Okręgu Armii Krajowej.