Hipolit został pochowany na cmentarzu świętomarcińskim, w bezpośrednim sąsiedztwie grobowca Karola Marcinkowskiego oraz swojej żony. Jego grób się nie zachował, gdyż Niemcy w czasie okupacji całkowicie zdewastowali nekropolię. W początku lat 80. XX wieku reporter Adam Kochanowski ustalił dokładne położenie mogiły Cegielskiego i podczas prac budowlanych przy ul. Towarowej, mogących zniszczyć pozostałości, wpłynął na podjęcie decyzji o ekshumacji. W miejscu mogiły znaleziono kości. Przyjęto, że są to szczątki rodziny Cegielskiego. Obelisk wraz z ziemią z miejsca pochówku umieszczono na Cmentarzu Zasłużonych Wielkopolan, po jego rewitalizacji w 1981 roku.
W październiku 2012 roku Sejmik Województwa Wielkopolskiego nazwał rok 2013 rokiem Hipolita Cegielskiego. Sejm RP w grudniu 2012 roku przyjął okolicznościową uchwałę, związaną z 200 rocznicą narodzin Cegielskiego.
Oprócz tego istnieje wiele szkół i placówek, które noszą imię Hipolta Cegielskiego. Należą do nich m.in.:
- Zespół Szkół Komunikacji im. Hipolita Cegielskiego w Poznaniu
- Zespołu Szkół im. Hipolita Cegielskiego w Rogoźnie
- Zespół Szkół im. Hipolita Cegielskiego w Chodzieży
- Zespół Szkół Technicznych im. Hipolita Cegielskiego w Śremie
- Zespół Szkół Rolniczych i Technicznych im. Hipolita Cegielskiego w Powodowie
- Centrum kształcenia zawodowego i ustawicznego w Środzie Wielkopolskiej