Kiedy wybuchł konflikt, znany jako Potop Szwedzki, Stefan Czarniecki został wezwany przez króla Jana Kazimierza do obrony Krakowa, podczas gdy on sam schronił się na śląsku. Mimo aktywnej i brutalnej kampanii obronnej, oraz wykorzystywania wszystkich sił Krakowa, nie udało mu się utrzymać miasta. Został raniony w policzek, zapasy szybko się kończyły, a posiłki nie nadchodziły. W związku z tym kapitulował i na warunkach honorowych wypuszczono jego i jego ludzi. Po przegranej, podobnie jak wielu dowódców rozważał przejście na stronę Karola Gustawa, jednak za namową królowej, pozostał wierny Rzeczypospolitej. Połączył się z siłami króla, któremu doradził ogłoszenie wojnę wszystkich stanów, żeby zebrać jak najwięcej ludzi. Został mianowany regimentarzem, czyli zastępcą hetmana. Początkowo, próbując odzyskać ziemie w otwartych bitwach przegrywał, więc zmienił taktykę. Rozpoczęła się jego słynna walka szarpana, do której wcielił też chłopów.

Udało mu się odciąć armie szwedzkie pod Jarosławiem, oraz pomóc w odbiciu Sandomierza. W tym czasie Brandenburgia wkroczyła na tereny Rzeczypospolitej, w związku z czym Czarniecki zostawił większość wojska i ruszył, by odciąć im drogę. Zniszczył całą szwedzką ariegardę, w bitwie pod Kozienicami i połączył się z armią Jerzego Lubomirskigo. Następnie zaatakowano wojska szwedzki w bitwie od Warką, siejąc popłoch wśród wrogów. Wraz z Lubomirskim rozpoczął Kampanię Wielkopolską, jednak była ona przegrana. Po licznych przegranych bitwach Czarniecki brał udział w zwycięskim oblężeniu Warszawy, jednak król nie posłuchał jego rad i przegrano kolejną walkę o stolicę, tracąc ją ponownie. Po ponownej wojnie partyzanckiej, zawiedziony nieotrzymaniem stanowiska hetmana powiedział słynne słowa „Jam nie urósł ani z żup solnych, ani z szerokiej roli”, których inna wersja znajduje się w podtytule.

Następnie pokonał wojska siedmiogrodzkie w licznych krwawych bojach, w okolicach Czarnego Ostrowa. Kiedy wybuchła wojna w Danii, Czarniecki szybko wyparł Szwedów, na co Karol Gustaw odpowiedział traktatem wawelsko-bydgoskim, jednak Stefan Czarniecki udawał, że nie ma o niczym pojęcia i łupił Nową Marchię, będącą pod kontrolą Brandenburgii. Następnie Czarniecki ruszył w głąb Danii. Wraz z wojskiem, przeprawił się przez morską cieśninę (według niektórych źródeł cała jego armia zrobiła to wpław) oraz zdobył twierdzę Koldyng. W wyniku jego kampanii wojsko Szwedzkie osłabło, zaś po śmierci Karola Gustawa, zawarto Pokój w Oliwie.