Kampania ukraińska Kampanię przeciw Rosjanom prowadził także Lubomirski na Ukrainie – we wrześniu i październiku 1660 odniósł zwycięstwa pod Cudnowem i Słobodyszczem. Lubomirski był jednak coraz bardziej pochłonięty polityką wewnętrzną kraju i w styczniu 1661 król wysłał Czarnieckiego do tłumienia zamieszek kozackich. Wkrótce jednak wezwał go z powrotem na pomoc do Warszawy. Próby wzmocnienia władzy królewskiej przez wprowadzenie elekcji vivente rege i ukrócenie liberum veto zostały przez szlachtę zrozumiane jako zamach na złotą wolność i stronnictwo królewskie za pieniądze francuskie próbowało za wszelką cenę przeforsować swój postępowy program. Pieniądze od ambasadora króla Francji Ludwika XIV brał i Stefan Czarniecki, a sam fakt przybycia wojewody do Warszawy miał związek zapewne nie tylko z wiernością królowi, ale i z obietnicą zarobku. W 1662 pobierał z kasy ambasadora francuskiego w Rzeczypospolitej Antoine de Lumbres’a pensję w wysokości 12 tys. franków za poparcie planu elekcji vivente rege kandydata francuskiego Ludwiki Marii Gonzagi. W tym samym roku Czarniecki otrzymał dekret nominacyjny na urząd hetmana polnego koronnego, lecz bez daty i pieczęci, gdyż nadal żył Jerzy Sebastian Lubomirski. W ten sposób stał się on pionkiem królowej, mającym swoją popularnością zjednać dla sprawy wojsko i szlachtę. Jednakże Lubomirski, prowadzący podwójną grę, okazał się „magnesem lepiej przyciągającym” wojsko. Czarniecki poparł elekcję vivente rege francuskiego księcia Condé i jednocześnie wydał carowi jeńców spod Połonki za 1 mln złotych, co znacznie obniżyło jego popularność wśród szlachty i wojska. W tym czasie powstał żołnierski Związek Święcony, częściowo inspirowany przez niechętnych królowi magnatów. O Czarnieckim krążyły różne plotki i paszkwile – o zdradzie interesów szlachty, o poparciu dla królowej, która chce siłami Kozaków, Tatarów i Francuzów roznieść Związek Święcony, o chciwości, skąpstwie, okrucieństwie, ale i niezależności ugruntowanej tytułem generała wojsk Jego Królewskiej Mości. Pomimo pojednania króla z konfederatami i Lubomirskim, plan postępowych reform, wprowadzany złymi środkami, został w końcu pogrzebany. W październiku 1663 Czarniecki poprowadził ostatnią polską ofensywę na Ukrainę, mając na celu zrealizowanie królewskich planów: odzyskać Zadnieprze, przejść z Ukrainy Lewobrzeżnej na północ i po połączeniu się z wojskami litewskimi Sapiehy ruszyć na Moskwę. Kampania miała też odwrócić uwagę opinii publicznej od problemów wewnętrznych Rzeczypospolitej. Plany te okazały się jednak na wyrost, bowiem Czarniecki nie był w stanie zdobyć nawet Głuchowa, fortecy niezbyt znacznej, obleganej od 3 stycznia do 9 lutego 1664 roku. W trakcie tego oblężenia wojewoda ponownie został ranny, a Rosjan nie udało się zmusić do walnej bitwy, ponieważ przyjęli taktykę zmuszającą wroga do zdobywania zamków. 26 lutego na Prawobrzeżnej Ukrainie rozgorzały ponownie walki polsko-kozackie co zmusiło wojska polskie do przerwania kampanii, rezygnacji z marszu na Moskwę i do podjęcia walki z Kozakami. Całe Zadnieprze wróciło pod władzę Rosji. Latem 1664 roku na Ukrainę Prawobrzeżną wkroczył Czarniecki i przystąpił do walk. Po przybyciu do Subotowa kazał wyrzucić z grobu zwłoki Bohdana Chmielnickiego. Walki z Kozakami na prawobrzeżnej Ukrainie trwały przez cały rok 1664. W lipcu wojska Czarnieckiego walczyły pod Miedwinem i Lisianką, gdzie Czarniecki został ranny. Następnie wojska koronne dowodzone przez Czarnieckiego ruszyły przez Bojarkę na Białą Cerkiew. Gdy latem 1664 ponownie zbuntowało się Stawiszcze, dokonał oblężenia miasteczka. W październiku oblegane Stawiszcze skapitulowało, a wszyscy mieszkańcy zostali wymordowani. Pomimo pomocy tatarskiej i sukcesu w walce pod Stawiszczami wojska koronne nie potrafiły stłumić powstania kozackiego.