Po maturze Jan Czartoryski zapisał się w 1917 roku na architekturę na Politechnice Lwowskiej. Jako jedyny w rodzinie wybrał studia inżynieryjne. Od dziecka marzył o zostaniu inżynierem. Ciekawiło go wszystko, co wiązało się z techniczną budową przedmiotów. Wiedzę i umiejętności zdobyte podczas studiów ojciec Michał wykorzystał w życiu zakonnym. Powierzono mu kierowanie budową klasztoru na Służewie w Warszawie, a także wykonywał projekty architektoniczne dla klasztoru sióstr wizytek, w którym przebywała jego siostra Anna. Studia architektoniczne Jana trwały z przerwami od 1917 do 1926 roku. Niestety, u progu niepodległości musiał zamienić deskę kreślarską na karabin. Walka w obronie Lwowa i kampania 1920 roku w wojnie bolszewickiej utrudniły ojcu Michałowi studiowanie. Wśród archiwaliów po o. Michale zachował się zbiór blisko stu projektów. Profil młodego studenta utrwalił, na freskach w katedrze ormiańskiej we Lwowie, Jan Henryk Rosen za sprawą Józefa Teodorowicza.