We wrześniu 1926 roku Jan Czartoryski powiedział Bogu „tak” i wstąpił do seminarium diecezjalnego we Lwowie. W tym samym czasie otrzymał indeks wolnego słuchacza Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jana Kazimierza, gdzie studiowali lwowscy seminarzyści. Pobyt w seminarium trwał zaledwie rok, Czartoryski był coraz wyraźniej przekonany, że to nie jest jego miejsce. Dojrzewała w nim decyzja o wstąpieniu do zakonu, dlatego już w sierpniu 1927 roku pożegnał Lwów i udał się do klasztoru dominikańskiego w Krakowie przy ulicy Stolarskiej 12. Obłóczyny Jana Czartoryskiego miały miejsce 18 września 1927 roku u grobu św. Jacka w Krakowie. Przyjął imię Michał na cześć Archanioła Michała. W dniu 25 września 1928 roku o. Michał złożył w Krakowie pierwsze śluby zakonne na ręce przeora o. Henryka Jakubca OP. Rok później otrzymał tonsurę (28 października 1929 roku), a także niższe święcenia duchowne: ostiariat i lektorat (30 listopada 1929) oraz egzorcystat i akolitat (21 grudnia 1929 roku). 1 listopada 1931 roku Biskup Franciszek Lisowski udzielił o. Michałowi święceń subdiakonatu w kaplicy seminarium lwowskiego. W dniu 29 listopada tego samego roku o. Czartoryski otrzymał z rąk arcybiskupa Bolesława Twardowskiego święcenia diakonatu w prywatnej kaplicy metropolity. Jego Ekscelencja ks. bp Franciszek Barda wyznaczył datę 20 grudnia 1931 roku na dzień święceń kapłańskich. Uroczystość odbyła się w dominikańskiej bazylice Matki Bożej Bolesnej w Jarosławiu.   18 listopada 1933 roku generał zakonu o. Marcin Gillet mianował o. Michała magistrem nowicjuszy i braci studentów. Odtąd, niemal nieprzerwanie aż do śmierci w 1944 roku, Czartoryski pełnił funkcję wychowawcy w Krakowie i Warszawie.