1 sierpnia ojciec Michał udał się na umówioną wizytę u okulisty na Powiślu. Po niej odwiedził zaprzyjaźnioną rodzinę Kaszniców, do której przybył tuż przed szesnastą. O czwartej w dzielnicy uruchomiono alarm przeciwlotniczy, a ojciec wraz z rodziną zszedł do piwnicy. Do klasztoru już nigdy nie wrócił. 2 sierpnia skierował się do dowódcy III Zgrupowania "Konrad", by tam pełnić służbę jako kapelan oddziału. Kapitan Julian Szawdyna przyjął dominikanina do swojego oddziału. Ojciec Michał wywiązywał się ze swoich obowiązków udzielając powstańcom i cywilom sakramentu pokuty, namaszczenia, przemykał się ulicami, barykadami i okopami, by odwiedzać rannych w szpitalu. Uratował pozostawione podczas ucieczki duchownych ze szpitala św. Teresy przy ul. Tamka komunikanty i paramenty liturgiczne. Odprawiał msze święte, począkowo w kościele, a później na dziedzińcach większych budynków i kamienic. Chętnie służył pomocą w sprawach związanych z dbaniem o rannych powstańców. Zabiegał o jedzenie dla sierot i wszystkich potrzebujących. 25 sierpnia szpital III Zgrupowania został przeniesiony do piwnic firmy Alfa-Laval na rogu ulicy Tamka i Smulikowskiego. Ojciec Michał posługiwał tam codziennie odprawiając msze święte, udzialając chorym sakramentów pokuty i namaszczenia, a jako silny mężczyzna pomagał nieraz przy transporcie rannych. 6 września odprawił ostatnią mszę świętą. Niemcy, po zajęciu Powiśla, rozkazali ludności cywilnej opuszczać piwnice. Do szpitala przedostał się prof. Kasznica wraz z córką, by nakłonić przyjaciela do wyjścia ze szpitala w przebraniu wraz z ludnością cywilną. Ojciec Michał stanowczo odmówił słowami: "Szkaplerza nie zdejmę i rannych, którzy są zupełnie bezradni i unieruchomieni w łóżkach, nie opuszczę". W szpitalu było 11 rannych na łóżkach, a dookoła kręcili się Niemcy. Ojciec zajął się pakowaniem kielicha i patery. Wszyscy cywile oraz ranni opuścili szpital, w środku zostali tylko unieruchomieni ranni oraz ich kapłan. Między godziną 14 a 15 Niemcy dokonali egzekucji. Ciężko rannych zastrzelono w łóżkach, a o. Michała wyprowadzono na zewnątrz. Sprawdzono mu dokumenty oraz zarządano ściągnięcia habitu. Gdy odmówił - zastrzelono go. Nie ma pewności co do tego, jak dokładnie wyglądała scena śmierci. Ojciec Michał wybrał dobrowolną śmierć w gronie rannych. Nie zdjął habitu i nie opuścił rannych dając świadectwo prawdziwej miłości do bliźniego i wiary.