W 1986 roku rozpoczęła się historia procesu beatyfikacyjnego o. Michała Czartoryskiego. W tym czasie w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych Stolicy Apostolskiej omawiano sprawę biskupa Michała Kozala, który został zamordowany w Dachau w 1943 roku. Zasugerowano, aby do tego procesu dołączyć osoby, które zginęły w podobnych okolicznościach. W przypadku śmierci męczeńskiej za wiarę nie ma obowiązku udowodnienia cudu, co za tym idzie do procesu beatyfikacyjnego mogły dołączyć osoby, które poniosły śmierć za wiarę z rąk hitlerowców. Sprawę o. Michała Czartoryskiego miał prowadzić o. Bruno Mazur OP. Proces beatyfikacyjny odbywał się dwustopniowo czyli na poziomie diecezji, a później w Watykanie. W tym czasie dołączano jeszcze więcej osób objętych procesem. Ojciec Bruno Mazur OP przystąpił do poszukiwań osób, które mogły mieć kontakt z  o. Michałem Czartoryskim, aby lepiej poznać jego historię. Pomimo upływu ponad 50 lat znalazło się dziesięć osób, które pamiętały o decyzji pozostania o. Czartoryskiego z rannymi podczas ewakuacji oddziałów powstańczych 6 września 1944 roku. Przed Trybunałem Rogatoryjnym odbyło się 10 posiedzeń, na których przesłuchiwano świadków. Trybunał odbywał się w Warszawie, Gidlach a także w Pełkiniach. Pytania zadawane świadkom dotyczyły faktów z życia o. Michała, okoliczności śmierci męczeńskiej, jego wiary, duchowości oraz o kult i łaski, które otrzymano za jego wstawiennictwem.  Oprócz tego zajmowano się także dokumentami archiwalnymi, dotyczącymi jego samego, a także jego rodziny. Jego bratanek, prof. Paweł Czartoryski zajął się także przeszukaniem rodzinnych archiwów w poszukiwaniu informacji o dominikaninie i bliskich dla niego osób. Proces na poziomie diecezjalnym zakończył się 26 stycznia 1994 roku we Włocławku. Dokumentację przekazano w marcu 1994 roku do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych Stolicy Apostolskiej. Beatyfikacja odbyła się podczas pielgrzymki Jana Pawła II do Polski. Podczas uroczystej mszy świętej na placu Piłsudskiego w uznaniu swych zasług i męczeńskiej śmierci został beatyfikowany 13 czerwca 1999 roku w gronie 108 męczenników II wojny światowej w Warszawie przez Jana Pawła II.