W czerwcu 1905 roku został powołany do wojska. Z Dworca Petersburskiego na warszawskiej Pradze odjechał do Harbina przy granicy chińskiej na front odległy o 7 tysięcy kilometrów. Tam wagonem sanitarnym przerobionym na szpital przemieszczał się między Irkuckiem a Harbinem i udzielał pomocy rannym i chorym. W punkcie sanitarnym przyjmował Rosjan, Tatarów, Ukraińców, Polaków z wszelkiego rodzaju chorobami. W czasie wolnym, którego nie miał zbyt wiele zwiedzał okolice, poznawał ludzi, pisał listy do matki. Powrót do domu był możliwy po 5 września 1905 roku, gdy podpisano pokój między Rosja a Japonią. Jednak fala strajków, która obejmowała całe cesarstwo rosyjskie sparaliżowała również kolej. W związku z tym Henryk Goldszmit do Waszawy wrócił dopiero w marcu 1906 roku.

Po wybuchu I wojny światowej w sierpniu 1914 roku Henryk Goldszmit został ponownie powołany i pojechał jako lekarz wojskowy na front, zostawiając setkę dzieci pod opieką Stefanii Wilczyńskiej. W stopniu porucznika armii carskiej wyruszył ze swoja dywizją z Dworca Petersburskiego w kierunku Prus Książęcych. Podczas wojny na co dzień obcował ze śmiercią. W lazarecie polowym, w przerwach między bitwami napisał „Dziecko w rodzinie” - jedną ze swoich najważniejszych książek (pierwszą część cyklu „Jak kochać dziecko”, która ukazała się w 1919 roku, całość zaś w 1920). Służbę w wojsku rosyjskim zakończył w stopniu kapitana. Dopiero w czerwcu 1918 roku powrócił do Warszawy do Domu Sierot.

Zimą 1920 roku Henryk Goldszmit został powołany do armii polskiej jako oficer rezerwy w stopniu majora. Służył w batalionie sanitarnym w szpitalu epidemiologicznym na Kamionkach w Warszawie. Tam zaraził się tyfusem.

Po wybuchu II wojny światowej we wrześniu 1939 roku Henryk Goldszmit chciał walczyć z bronią w ręku, ale nie przyjęto go do wojska ze względu na wiek. Sprawił sobie mundur oficerski, który nosił na co dzień.