Ojciec

Ojciec astronoma, który również nazywał się Mikołaj Kopernik, był zamożnym kupcem i bankierem. Jego ród pochodził ze wsi Koperniki znajdującej się na Górnym Śląsku niedaleko Nysy. Następnie rodzina Koperników mieszkała w Krakowie, skąd podczas wojny trzynastoletniej z Krzyżakami Mikołaj Kopernik (ojciec) przeniósł się do Torunia.

Matka

Matka Mikołaja - Barbara była córką Łukasza, należała do szanowanej w Toruniu rodziny Watzenrode. Ród ten przeniósł się prawdopodobnie ze Śląska i osiadł w Toruniu w połowie XIV wieku.

Brat

Mikołaj był jednym z czworga dzieci Mikołaja i Barbary. Miał brata Andrzeja (historycy nie są zgodni co do roku jego urodzenia). Studiował on wraz z Mikołajem na Akademii Krakowskiej, a potem w Bolonii. Następnie rozdzielili się i gdy Mikołaj kontynuował studia w Padwie, Andrzej trafił do Rzymu. Również, podobnie jak Mikołaj, był kanonikiem. Andrzej umarł na trąd w Rzymie, przed rokiem 1518.

Siostry

Mikołaj miał również dwie siostry: Barbarę i Katarzynę, nie wiadomo o nich jednak tyle co o braciach.

Barbara urodziła się około 1469 roku. Była siostrą zakonną w zakonie cysterek w Chełmnie. Zmarła przed 1517.

Katarzyna przyszła na świat około 1471 roku. Jako jedyna z rodzeństwa założyła rodzinę. Wyszła za kupca Bartłomieja Gertnera, z którym miała pięcioro dzieci: Katarzynę, Krystynę, Reginę, Jerzego i Albrechta.