Wszyscy kojarzą Mikołaja Kopernika z astronomią, niektórzy także z medycyną. Jednakże, jeśli ktoś by nas zapytał, czy autor dzieła „O obrotach sfer niebieskich” miał kiedykolwiek do czynienia ze sztuką wojenną, prawdopodobnie odpowiedź brzmiałaby „nie”, przecząc tym samym faktom i dokumentom. Prawda bowiem jest taka, że ten wielki astronom zapisał się również na kartach historii jako dowódca fortec czy też zagorzały przeciwnik Zakonu Krzyżackiego.

Warto by wspomnieć, iż już ojciec Mikołaja Kopernika, Mikołaj Kopernik starszy, otwarcie występował przeciwko Krzyżakom. Dowodem na to może być chociażby fakt, że ułatwił on zaciągnięcie w Krakowie pożyczki przez antykrzyżacki gdańsk podczas wojny trzynastoletniej. Nie był on jednak jedynym członkiem rodziny astronoma zaanażowanym w działalność skierowaną przeciwko sąsiadowi Polski, ponieważ rodzina matki Kopernika, a w szczególności jego dziadek oraz wuj, także deklarowała się jako przeciwnicy Zakonu. Nic dziwnego więc, że Mikołaj Kopernik, wychowany w rodzinie antykrzyżackiej oraz dorastający w okresie napięć między rycerzami zakonnymi a Polską, w dorosłym życiu również przeciwstawiał się ekspansji naszego ówczesnego sąsiada z północy.

Około roku 1516 na terenie Warmii grasowało wiele band rozbójniczych, których „bazy operacyjne” znajdowały się na terenach Zakonu Krzyżackiego, przez który były wspierane, chociaż, jak można się domyślać, Krzyżacy wypierali się jakichkolwiek powiązań z rozbójnikami. Był to bardzo trudny problem do rozwiązania dla kapituły także z tego względu na to, że wielki mistrz Zakonu, Albrecht Hohenzollern był siostrzeńcem króla Polski, Zygmunta Starego. Dopiero Mikołaj Kopernik zdecydował się poinformować o tej kwestii króla w memoriale z dnia 22 lipca 1516 roku. Co ciekawe, oryginalna wersja dokumentu zachowała się do dziś i została napisana w całości przez naszego bohatera. Było to pierwsze „starcie” Kopernika z Krzyżakami. Niedługo potem, bo 11 listopada 1516 roku Mikołaj Kopernik został wybrany na administratora dóbr kapituły warmińskiej i był nim aż do roku 1519 roku. Wraz z objęciem tego urzędu zamieszkał na zamku w Olsztynie. Po rocznej przerwie (1519-1520) na nowo pojawił się w stolicy Warmii, lecz tym razem jako komendant twierdzy olsztyńskiej w obliczu wojny polsko-krzyżackiej (1520-1521). Mniej więcej w tym czasie Mikołaj Kopernik udał się z poselstwem do samego wielkiego mistrza krzyżackiego w kwestii Braniewa, które zostało inkorporowane przez Zakon Krzyżacki. Twierdza w Wolsztynie, leżąca bardzo blisko terytorium Zakonu, była jedyną twierdzą na Warmii, która miała chronić ziemie polskiego państwa przed atakami Krzyżaków. Dowodząc obroną Olsztyna, dał dowód swojej rozwagi oraz umysłu dobrego stratega. Mimo tego, że w pewnym momencie do twierdzy, podczas oblężenia, przybyły polskie posiłki, Mikołaj Kopernik zdecydował się dozbroić warownię, zamawiając m.in. 16 hakownic (hakownica jest bronią palną o szerokim polu rażenia). Również, mimo że Krzyżacy wyrąbali boczną furtę w bramie młyńskiej, która prowadziła do zamku, obrońcy odparli atak. Nie dał się też nabrać na blefy wojskowe Albrechta Hohenzollerna i nie zgodził się poddać miasta.

Po udanej obronie Olsztyna, obrano Kopernika „Komisarzem Warmii”, aby rewindykował zagrabione przez Krzyżaków ziemie warmińskie. Następnie powrócił on do Fromborka, gdzie wcześniej, 21 stycznia 1520 roku, był świadkiem najazdu krzyżackiego. Kopernik napisał również skargę przeciwko Albrechtowi Hohenzollernowi, ż którą kapituła warmińska wystąpiła na sejmiku w Grudziądzu.

Na tym kończy się historia Mikołaja Kopernika związana z wrogiem Polski, Zakonem Krzyżackim, ale pewno jest jedne: odważnie i skutecznie działał przeciwko najeźdźcom.